> а если надо запустить новый инстанс браузера?

В KDE это делается по ctrl+click, плюс действие доступно из контекстного меню иконки. Так как запуск дублей крайне редко нужное действие, такая реализация через дополнительное действие правильная.

> А если у пары программ нет иконки, как ты отделишь одну программу от другой?

Таких поделок очень мало, настолько что очень низкая вероятность что кто-то запустит одновременно две разных таких поделки.  У них отображается дефолтная иконка X, но таким приложениям DE могло бы генерировать уникальную иконку на основе пути исполняемого файла, как это делают сервисы типа gravatar для пользователей, не загрузивших картинку.

> Только это выброшенные на ветер человекочасы на linux-only крысиные бега.

Назовите проект, в котором это не так ))